对此，台海巡部门称接到渔船118号报案后，随即通报辖区第三海巡队派遣快艇前往查处，同时通报舰队分队调派舰船前往协助。有意思的是，台方称舰船出海后，海上气候恶劣，有高达三到四米的大浪，所以台海巡船又回去了。后经过雷达监控，三艘大陆渔船在隔天清晨离开了中部海域。

岛内媒体提出了几点疑问，第一，台防务部门的雷达能显示大陆渔船在清晨离开，为何却没有发现大陆渔船进入台岛附近海域？此前台海巡部门也多次在新竹外海驱逐“越界”的大陆船只，为何这次什么也没看到，直到台湾渔船报案后才行动？第二，台海巡部门称气象条件差，但是大陆铁壳渔船与台海巡船吨位差不多，却能待到清晨才离开，台海巡部门所谓的“安全顾虑”，到底是气象条件，还是对大陆认怂？

在金门渔船翻覆事件之后，岛内担忧已经越来越深，岛内退役中将张延廷表示，佩洛西窜台之后，“海峡中线”已经没有了；金门事件之后，外岛离岛“禁限水域”也被抹除了。接下来大陆要收回的就是临接区和临海，大陆海警船或许会到台湾临海来执法。